Performansa çar ceribandinên zêdekirina asîda nukleîk ji bo destnîşankirina SARS-CoV-2 li Etiyopyayê

Spas ji bo serdana Nature.com. Hûn guhertoyek gerokê bi piştgiriya CSS-ê ya sînorkirî bikar tînin. Ji bo ezmûna çêtirîn, em pêşniyar dikin ku hûn gerokek nûvekirî bikar bînin (an jî Moda Lihevhatinê di Internet Explorer-ê de neçalak bikin). Wekî din, ji bo misogerkirina piştgiriya domdar, em malperê bê şêwaz û JavaScript nîşan didin.
Karûselek ji sê slaytan di carekê de nîşan dide. Bişkokên Berê û Paşê bikar bînin da ku hûn di carekê de di nav sê slaytan de bigerin, an jî bişkokên slaytê yên li dawiyê bikar bînin da ku hûn di carekê de di nav sê slaytan de bigerin.
Ji destpêka nexweşiya koronavirusê (COVID-19) a 2019an vir ve, gelek testên zêdekirina asîda nukleîk a bazirganî (NAAT) li çaraliyê cîhanê hatine pêşxistin û bûne ceribandinên standard. Her çend çend test bi lez hatin pêşxistin û li testên teşhîsê yên laboratîfê hatin sepandin jî, performansa van testan di cûrbecûr mîhengan de nehatiye nirxandin. Ji ber vê yekê, armanca vê lêkolînê nirxandina performansa ceribandinên Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI, û Sansure Biotech bi karanîna Standarda Referansê ya Kompozît (CRS) bû. Lêkolîn li Enstîtuya Tenduristiya Giştî ya Etiyopyayê (EPHI) ji 1 heta 30ê Kanûna Pêşîn a 2020an hate kirin. 164 nimûneyên nazofarîngeal bi karanîna kîteya mini ya RNA ya QIAamp û pergala amadekirina nimûneya DNA ya Abbott hatin derxistin. Ji 164 nimûneyan, %59.1 pozîtîf û %40.9 ji bo CRS neyînî bûn. Li gorî CRS, pozîtîfbûna Sansure Biotech pir kêm bû (p < 0.05). Li gorî CRS, pozîtîfbûna Sansure Biotech pir kêm bû (p < 0.05). Ji ber ku Sansure Biotech ji bo sravneniyu CRS-ê (p < 0,05) pir girîng e. Encamên erênî yên Sansure Biotech li gorî CRS-ê pir kêmtir bûn (p < 0.05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。 Di Sansure Biotech de pir hindik zêde dibe ku li ser CRS-ê (p < 0,05) zêde bibe. Sansure Biotech li gorî CRS encamên erênî yên pir kêmtir nîşan da (p < 0.05).Lihevhatina giştî ya çar analîzan li gorî CRS %96.3–100 bû. Ji bilî rêjeya erênîbûna kêm a ceribandina Sansure Biotech, performansa çar ceribandinan hema hema berawirdî bû. Ji ber vê yekê, ceribandina Sansure Biotech [Tenê Lêkolîn (RUO)] ji bo karanîna xwe li Etiyopyayê hewceyê pejirandina zêde ye. Di dawiyê de, divê lêkolînên zêde werin hesibandin da ku ceribandin bi îdiayên hilberîner ên guncaw werin nirxandin.
Testkirina laboratîfê beşek ji Plana Stratejîk a Rêxistina Tenduristiyê ya Cîhanê (WHO) ji bo Nexweşiya Koronavîrusê ya 2019 (COVID-19) Amadekarî û Bersivdayînê (SPRP) ye. WHO şîret dike ku welat hewce ne ku kapasîteya laboratîfê ava bikin da ku amadekariyê, rêveberiya rast a bûyeran, hişyariyê û bersiva bilez a li hember pirsgirêkên tenduristiya giştî baştir bikin. Ev yek nîşan dide ku rola laboratîfê ji bo taybetmendiya nexweşî û epidemiolojiya ajanên enfeksiyonê yên derketî û kontrolkirina belavbûna wan girîng e.
Teşhîsa COVID-19 hewceyê agahdariya epidemiolojîk û bijîşkî, nîşan/nîşanên kesane, û daneyên radyografîk û laboratîfê ye2. Ji dema ku belavbûna COVID-19 li Wuhan, Çînê hate ragihandin, gelek testên zêdekirina asîda nukleîk a bazirganî (NAAT) li çaraliyê cîhanê hatine pêşve xistin. Reaksiyona zincîra polîmerazê ya transkrîpsiyona berevajî ya demrast (rRT-PCR) wekî rêbazek rûtîn û standard ji bo teşhîsa laboratîfê ya enfeksiyona sendroma giran a nefesê ya akût 2 (SARS-CoV-2)3 hatiye bikar anîn. Tesbîtkirina molekulî ya SARS-CoV-2 bi gelemperî li ser bingeha genên N (gena proteîna nukleokapsîd), E (gena proteîna zarfê), û RdRp (gena RNA polîmerazê ya girêdayî RNA) di herêma ORF1a/b (çarçoveya xwendina vekirî 1a/b). gen) de ye ku ji genoma vîrusî hatî destnîşankirin. Ew wekî herêmên sereke yên parastî têne hesibandin ku di genomên vîrusî de ji bo naskirina vîrusê têne dîtin4. Di nav van genan de, genên RdRp û E xwedî hesasiyeta tespîtkirina analîtîk a bilind in, dema ku gena N xwedî hesasiyeta analîtîk a nizm e5.
Performansa ceribandinên PCR dikare li gorî faktorên cûrbecûr wekî: reagentên derxistinê, reagentên zêdekirin/tespîtkirinê, rêbaza derxistinê, kalîteya makîneya PCR û amûrên din cûda bibe. Ji Nîsana 2020-an vir ve, zêdetirî 48 cîhazên teşhîsê yên cûda ji neh welatan Destûra Bikaranîna Awarte (EUA) ji bo teşhîsa COVID-196 wergirtine. Li Etiyopyayê, zêdetirî 14 platformên PCR-ê yên demrast ji bo tespîtkirina PCR-ê ya SARS-CoV-2 li 26 saziyên tenduristiyê yên giştî têne bikar anîn, di nav de ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 û Quant-studio7. Wekî din, kîtên ceribandina PCR-ê yên cûrbecûr hene, wekî testa Daan Gene, testa Abbott SARS-CoV-2, testa Sansure Biotech, û testa SARS-CoV-2 BGI. Her çend rRT-PCR pir hesas be jî, hin nexweşên bi COVID-19 encamên neyînî yên derewîn radigihînin ji ber ku kopiyên ne bes ên asîda rîbonukleîk (RNA) ya vîrusî di nimûneyan de ji ber berhevkirin, veguhastin, hilanîn û desteserkirina nerast, û ceribandina laboratîfê ne rast in. şert û kiryarên personelan8. Wekî din, şaşgirtina nimûne an kontrolê, danîna sînorê çerxê (Ct), û reaksiyona xaçerêyî bi asîdên nukleîk ên patojen ên din an RNA-ya SARS-CoV-2 ya neçalak/mayînde dikare di ceribandinên rRT-PCR9 de bibe sedema encamên erênî yên derewîn. Bi vî rengî, eşkere ye ku testên PCR bi rastî dikarin hilgirên perçeyên genan nas bikin, ji ber ku ew nikarin di navbera genên vîrusî yên bi rastî çalak de jî cûdahiyê bikin, ji ber vê yekê test tenê dikarin hilgiran nas bikin û nexweşan nas nekin10. Ji ber vê yekê, girîng e ku performansa teşhîsê bi karanîna rêbazên standard di hawîrdora me de were nirxandin. Her çend gelek reagentên NAAT li Enstîtuya Tenduristiya Giştî ya Etiyopyayê (EPHI) û li seranserê welêt hene jî, hîn nirxandinek berawirdî ya bandora wan nehatiye ragihandin. Ji ber vê yekê, armanca vê lêkolînê nirxandina performansa berawirdî ya kîtên bazirganî yên ji bo tespîtkirina SARS-CoV-2 bi rRT-PCR-ê bi karanîna nimûneyên klînîkî bû.
Bi tevahî 164 beşdarên ku gumanbarê COVID-19 bûn di vê lêkolînê de cih girtin. Piraniya nimûneyan ji navendên dermankirinê bûn (118/164 = %72), lê 46 (%28) beşdarên mayî ji navendên bêderman bûn. Di nav beşdarên ku li navendê nehatine dermankirin de, 15 (%9.1) rewşên klînîkî yên gumanbar hebûn û 31 (%18.9) têkiliyên nexweşên piştrastkirî hebûn. Nod û sê (%56.7) beşdar mêr bûn, û temenê navînî (± SD) yê beşdaran 31.10 (± 11.82) sal bû.
Di vê lêkolînê de, rêjeyên pozîtîf û neyînî yên çar testên ji bo COVID-19 hatin destnîşankirin. Bi vî awayî, rêjeyên pozîtîf ên testa Abbott SARS-CoV-2, testa Daan Gene 2019-nCoV, testa SARS-CoV-2 BGI, û testa Sansure Biotech 2019-nCoV bi rêzê ve %59.1, %58.5, %57.9 û %55.5 bûn. Pûanên standarda referansê ya hevgirtî (CRS) yên pozîtîf û neyînî bi rêzê ve %97 (%59.1) û %67 (%40.9) bûn (Tabloya 1). Di vê lêkolînê de, pênaseya CRS li ser bingeha qaîdeya "her pozîtîf" bû, ku ji çar encamên testê, du an bêtir encamên testê yên ku heman encam dane wekî pozîtîf an neyînî ya rastîn têne hesibandin.
Di vê lêkolînê de, me ji bo hemî analîzên ku bi CRS re hatine berhev kirin, lihevhatinek rêjeyek neyînî (NPA) ya 100% (95% CI 94.6–100) dît. Analîza Sansure Biotechnology PPA-ya herî kêm a 93.8% (95% CI 87.2-97.1) nîşan da û analîza Daan Gene 2019-nCoV lihevhatinek giştî ya 99.4% (95% CI 96.6-99.9) hebû. Berevajî vê, lihevhatina giştî di navbera ceribandina SARS-CoV-2 BGI û ceribandina Sansure Biotech 2019-nCoV de bi rêzê ve 98.8% û 96.3% bû (Tabloya 2).
Lihevhatina kappa ya Cohen di navbera encamên ceribandina CRS û Abbott SARS-CoV-2 de bi tevahî lihevhatî bû (K = 1.00). Bi heman awayî, nirxên kappa yên Cohen ên ku ji hêla Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI, û Sansure Biotech 2019-nCoV ve hatine tespît kirin jî bi tevahî lihevhatî ne bi CRS re (K ≥ 0.925). Di vê analîza berawirdî de, testa chi-square (test McNemar) nîşan da ku encamên ceribandina Sansure Biotech 2019-nCoV ji encamên CRS cuda bûn (p = 0.031) (Tabloya 2).
Wekî ku di Şekil de tê nîşandan.1 rêjeya nirxa Ct ya herî nizm (< 20 Ct) ya ceribandina Abbott SARS-CoV-2 (gena RdRp û N ya hevbeş) %87.6 bû û nirxa Ct ya gena ORF1a/b ya ceribandina Sansure Biotech 2019-nCoV nîşan da ku rêjeya nirxa Ct ya nizm (< 20 Ct) %50.3 û nirxa Ct ya bilind (36–40 Ct) %3.2 bû. 1 rêjeya nirxa Ct ya herî nizm (< 20 Ct) ya ceribandina Abbott SARS-CoV-2 (gena RdRp û N ya hevbeş) %87.6 bû û nirxa Ct ya gena ORF1a/b ya ceribandina Sansure Biotech 2019-nCoV nîşan da ku rêjeya nirxa Ct ya nizm (< 20 Ct) %50.3 û nirxa Ct ya bilind (36–40 Ct) %3.2 bû.Wekî ku di Şekil de tê nîşandan.1, procent naименьшего значения Ct (< 20 Ct) analîza Abbott SARS-CoV-2 (kombîneriya gene RdRp û N) pêk tê %87,6, û nirxa Ct ya ORF1a/b analîza Sansure Biotech 2019-nCoV Ct) pêk tê %50,3, û tê wateya Ct (36–40 Ct) %3,2 pêk tê. 1, rêjeya analîza nirxa Ct ya herî nizm (< 20 Ct) ya Abbott SARS-CoV-2 (gena hevgirtî RdRp û N) %87.6 bû, û nirxa Ct ya analîza gena ORF1a/b ya Sansure Biotech 2019-nCoV nîşan da ku rêjeya nirxa Ct ya nizm (< 20 Ct) %50.3 bû, û nirxa Ct ya bilind (36–40 Ct) %3.2 bû.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20 中文2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值Ct6(3)的百分比为3.2%. Wekî ku di Şekil 1 de tê xuyang kirin, rêjeya nirxa Ct ya herî nizm (< 20 Ct) ya testa Abbott SARS-CoV-2 (tevlîheviya gena RdRp û N) %87.6 e, nirxa Ct ya gena ORF1a/b ya testa Sansure Biotech 2019-nCoV rêjeya Ct ya nizm (< 20 Ct) %50.3 e, rêjeya Ct ya nizm (36–40 Ct) %3.2 e. Çawa ku li ser risûnke 1-ê tê xuyang kirin, analîz dike Abbott SARS-CoV-2 (bi RdRp û N) nîşan dide ku tenê kêm zêde girîngiya Ct (< 20 Ct) di nav 87,6% de, an girîngiya Ct ya ORF1a/b Anî Teknolojiya Bingehîn a 87,6% nCoV diyar kir ku Ct. Wekî ku di Şekil 1 de tê xuyang kirin, ceribandina Abbott SARS-CoV-2 (ku genên RdRp û N bi hev re dike) nirxa Ct ya herî nizm (< 20 Ct) bi rêjeya 87.6% hebû, di heman demê de nirxa Ct ya gena ORF1a/b di lêkolîna Sansure Biotech 2019 de - Analîza nCoV Ct ya nizm nîşan da. Procent значений (< 20 Ct) %50,3 pêk tê, ji sedî 50,3% Ct (36–40 Ct) %3,2 pêk tê. Rêjeya nirxan (< 20 Ct) %50,3 bû, û rêjeya nirxên Ct yên bilind (36–40 Ct) %3,2 bû.Testa Abbott SARS-CoV-2 B nirxên Ct yên li jor 30 tomar kir. Ji aliyekî din ve, di ceribandina BGI SARS-CoV-2 de gena ORF1a/b xwedî nirxek Ct ya bilind (> 36 Ct) bû, rêjeya wê %4 bû (Wêne 1). Ji aliyekî din ve, di ceribandina BGI SARS-CoV-2 de gena ORF1a/b xwedî nirxek Ct ya bilind (> 36 Ct) bû, rêjeya wê %4 bû (Wêne 1). Li ser vê yekê, ji bo analîzkirina BGI SARS-CoV-2 ya ORF1a/b, navê wê bi wateya Ct (> 36 Ct), rêjeya kotorê ya %4 (ris. 1) pêk tê. Ji aliyekî din ve, di analîza BGI SARS-CoV-2 de, gena ORF1a/b xwedî nirxek Ct ya bilind (> 36 Ct) bû, ku rêjeya wê %4 bû (Wêne 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比中 Ji aliyekî din ve, di tespîtkirina BGI SARS-CoV-2 de, rêjeya gena ORF1a/b bi nirxa Ct ya bilind (>36 Ct) %4 e (Wêne 1). Di vê yekê de, di analîzkirina BGI SARS-CoV-2 de rêjeya ORF1a/b bi nirxa Ct (> 36 Ct) ji %4 pêk tê (ris. 1). Ji aliyekî din ve, di analîza BGI SARS-CoV-2 de, rêjeya genên ORF1a/b yên bi nirxên Ct yên bilind (>36 Ct) %4 bû (Wêne 1).
Di vê lêkolînê de, me 164 nimûneyên nazofaringê girtin. Ji bo hemî cûreyên ceribandinan, veqetandin û zêdekirina RNA-yê bi karanîna rêbaz û kîtên ku ji hêla hilberînerên têkildar ve têne pêşniyar kirin, hate kirin.
Ev lêkolîn nîşan da ku testa Abbott ji bo SARS-CoV-2 xwedî heman performansa tespîtkirinê ye wekî CRS, bi 100% lihevhatina erênî, neyînî û giştî. Lihevhatina kappa ya Cohen 1.00 e, ku lihevhatina tevahî bi CRS re nîşan dide. Lêkolînek wisa ji hêla Zanîngeha Washington li Dewletên Yekbûyî ve dît ku hesasiyet û taybetmendiya giştî ya testa Abbott ji bo SARS-CoV-2 li gorî ceribandina laboratîf-diyarkirî (LDA) ya CDC bi rêzê ve 93% û 100% bû. 11. Sîstema tespîtkirinê ya Abbott SARS-CoV-2 li ser tespîtkirina hevdem a genên N û RdRp ye, ji ber ku her du gen jî hesastir in, ku negatîfên derewîn kêm dike12. Lêkolînek li Viyanayê, Avusturya jî nîşan da ku qebareyên nimûneyên derxistinê yên mezin û qebareyên eluenta tespîtkirinê bandorên şilbûnê kêm kirin û karîgeriya tespîtkirinê zêde kirin13. Bi vî awayî, hevahengiya bêkêmahî ya Abbott ji bo ceribandina SARS-CoV-2 dikare bi pergala tespîtkirina platformê ve were girêdan ku di heman demê de genên kombînatorî tespît dike, hejmareke mezin ji nimûneyan (0.5 ml) derdixe, û mîqdareke mezin ji eluentê (40 µl) bikar tîne.
Encamên me her wiha nîşan dan ku performansa tespîtkirinê ya testa genetîkî ya Daan hema hema wekî ya CRS bû. Ev yek bi lêkolînek14 ku li Zanîngeha Anhui li Huainan, Çînê hatiye kirin û îdiaya hilberîner a lihevhatina %100 erênî re lihevhatî ye. Tevî raporên encamên hevgirtî, nimûneyek piştî ji nû ve ceribandina heman eluate neyînî ya derewîn derket, lê di ceribandinên Abbott SARS-CoV-2 û Sansure Biotech nCoV-2019 de erênî derket. Ev yek nîşan dide ku dibe ku di encaman de di nav celebên cûda yên ceribandinan de cûdahî hebe. Lêbelê, di lêkolîna li Çînê15 de, encama ceribandina Daan Gene li gorî ceribandina referansê ya ku di laboratûarê de hatî destnîşankirin bi girîngî cuda bû (p < 0.05). Lêbelê, di lêkolîna li Çînê15 de, encama ceribandina Daan Gene li gorî ceribandina referansê ya ku di laboratûarê de hatî destnîşankirin bi girîngî cuda bû (p < 0.05). Ev yek nayê dîtin, di îsledovaniyê de, lêkolînek li Kitae15, encama analîza Daan Gene girîng e (p < 0,05) ji analîzên laboratorên etalonî. Lêbelê, di lêkolînek li Çînê15 de, encama analîza Daan Gene ji analîza referansê ya laboratîfê pir cuda bû (p < 0.05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0.05）.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0.05 Ji ber vê yekê, ji bo testa genetîk a genetîka (p < 0,05) ji bo ceribandina testa genetîk a testê ye. Lêbelê, di lêkolînek li Çînê15 de, encamên testa genetîkî ya Daan li gorî testa laboratûara referansê bi girîngî cuda bûn (p < 0.05).Ev nelihevhatin dibe ku ji ber hesasiyeta testa referansê ji bo tespîtkirina SARS-CoV-2 be, û lêkolînên din dibe ku ji bo destnîşankirina sedema wê girîng bin.
Herwiha, lêkolîna me performansa berawirdî ya ceribandina BGI ya SARS-CoV-2 bi CRS re nirxand, ku lihevhatinek rêjeyê ya erênî ya pir baş nîşan da (PPA = 97.9%), lihevhatinek rêjeyê ya neyînî (NPA = 100%), û lihevhatinek rêjeyê ya giştî li gorî zayendê (OPA). = 98.8%). Nirxên Kappa yên Cohen lihevhatinek baş nîşan dan (K = 0.975). Lêkolînên li Hollanda16 û Çînê15 encamên domdar nîşan dane. Testa BGI ya SARS-CoV-2 ceribandinek tespîtkirina genek yekane (ORF1a/b) ye ku 10 µl eluata amplîfîkasyon/tespîtkirinê bikar tîne. Tevî lihevhatinek îstatîstîkî ya baş bi encamên referansa me re, analîz du nimûneyên erênî (1.22%) ji tevahiya nimûneyê ji dest da. Ev dikare bandorên klînîkî yên mezin li ser dînamîkên veguhastinê hem li ser asta nexweş û hem jî li ser asta civakê bike.
Analîzek din a berawirdî ku di vê lêkolînê de cih girt, ceribandina Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) bû; rêjeya lihevhatina giştî %96.3 bû. Hêza lihevhatinê jî ji hêla nirxa Cohen's Kappa ve hate destnîşankirin, ku 0.925 bû, ku lihevhatina tevahî bi CRS re nîşan dide. Dîsa, encamên me bi lêkolînên ku li Zanîngeha Navendî ya Başûr li Changsha, Çîn, û li Beşa Laboratuwara Klînîkî ya Nexweşxaneya Gel a Liuzhou, Bajarê Liuzhou, Çîn hatine kirin re yek in17. Her çend lihevhatina îstatîstîkî ya baş a jorîn hat tomar kirin jî, testa chi-square (test MacNemar) nîşan da ku encama ceribandina Sansure Biotech li gorî CRS ferqek îstatîstîkî ya girîng hebû (p < 0.005). Her çend lihevhatina îstatîstîkî ya baş a jorîn hat tomar kirin jî, testa chi-square (test MacNemar) nîşan da ku encama ceribandina Sansure Biotech li gorî CRS ferqek îstatîstîkî ya girîng hebû (p < 0.005). Nesмотря на то, что было зафиксировано указанное bêtir erzantire statîstîkên sootvestvie, krîterîy хи-квадрат (критерий Манемара) tê xuyang kirin, ku ev yek dibe sedema analîza Sansure Biotech Navê vê RS-ê bi nirxa RS, 5. Her çend lihevkirineke baş a îstatîstîkî ya li jor hat tomar kirin jî, testa chi-square (test McNemar) nîşan da ku encama ceribandina Sansure Biotech li gorî CRS cudahiyek îstatîstîkî ya girîng hebû (p < 0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure Biotech相比具有统计学显着差异（p < 0,005）.尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表怎 ，sureo结果 与 crs 相比 具有 显着 （（p <0.005…………………………. Nesmotrya ji bo nermalava bêtir nirxa statîstîkên sootvestvie, krîterên hi-quadrat (krîterîy Manemara) nîşan dide ku statîstîkên girîng (p < 0,005) ji analîzên Sansure Biotech û CRS. Tevî lihevhatina baş a îstatîstîkî ya li jor hatî destnîşan kirin, testa chi-square (test McNemar) ferqek îstatîstîkî ya girîng (p < 0.005) di navbera testa Sansure Biotech û CRS de nîşan da.Li gorî CRS (Tabloya Pêvek 1), şeş nimûne (3.66%) encamên negatîf ên derewîn derketin; ev pir girîng e, nemaze ji ber dînamîkên veguhestina vîrusê. Daneyên jorîn jî vê rêjeya tespîtkirina kêm piştgirî dikin15.
Di vê lêkolînê de, nirxên Ct ji bo her ceribandin û platforma têkildar hatin destnîşankirin, û nirxa navînî ya Ct ya herî nizm di ceribandina Abbott SARS-CoV-2 de hate ragihandin. Ev encam dibe ku bi pergala ceribandina genetîkî ya hevdem a Abbott ji bo tespîtkirina SARS-CoV-2 ve girêdayî be. Ji ber vê yekê, li gorî Şekil 1, %87.6ê encamên Abbott SARS-CoV-2 nirxên Ct di bin 20 de bûn. Tenê hejmareke piçûk ji encamên nimûneyê (%12.4) di navbera 20-30 de bûn. Nirxên Ct yên li jor 30 nehatin tomar kirin. Ji bilî karanîna formata ceribandina genetîkî ya panela SARS-CoV-2 ji hêla Abbott ve, ev encam dibe ku bi sînorê tespîtkirina jêrîn (32.5 kopiyên RNA/mL)18 ve girêdayî be, ku sê caran ji sînorê jêrîn ê pargîdaniyê yê 100 kopiyên RNA/mL kêmtir e. ml)19.
Ev lêkolîn hin sînorkirin hene: yekem, ji ber nebûna çavkaniyan, rêbazên me yên standard/referansê [wek barkirina vîrusî an testên din ên laboratîfê (LDA)] nînin. Ya duyemîn, hemî nimûneyên ku di vê lêkolînê de hatine bikar anîn ji şûşeyên pozfarîngeal bûn, lê encam ji bo celebên din ên nimûneyan ne derbasdar bûn, û ya sêyemîn, mezinahiya nimûneya me piçûk bû.
Ev lêkolîn performansa çar ceribandinên rRT-PCR ji bo SARS-CoV-2 bi karanîna nimûneyên pozfarinksê berawird kir. Hemî ceribandinên tespîtkirinê performansek hema hema berawirdî hebûn, ji bilî ceribandina Sansure Biotech. Herwiha, rêjeya pozîtîfbûnê ya nizm di ceribandina Sansure Biotech de li gorî CRS hate destnîşankirin (p < 0.05). Herwiha, rêjeya pozîtîfbûnê ya nizm di ceribandina Sansure Biotech de li gorî CRS hate destnîşankirin (p < 0.05). Krome togo, di testê de Sansure Biotech был выявлен ниской процент на результатов на CRS (p < 0,05). Herwiha, testa Sansure Biotech li gorî CRS rêjeyek kêm a encamên erênî nîşan da (p < 0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。 Krome того, analîz Sansure Biotech namel dibe ku kêm zêde li ser bingeha CRS (p < 0,05). Herwiha, rêjeya erênîbûnê ya ceribandina Sansure Biotech li gorî CRS kêmtir bû (p < 0.05).Analîza Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) ya PPA, NPA û lihevhatina giştî ji %93.5 derbas bû û nirxa hêza lihevhatinê ya Cohen Kappa ya 0.925 bû. Di dawiyê de, Ceribandina Sansure Biotech (RUO) ji bo karanîna li Etiyopyayê hewceyê pejirandina bêtir e, û divê lêkolînên zêdetir werin hesibandin da ku îdiayên ji hilberînerên takekesî werin nirxandin.
Sêwirana lêkolîna berawirdî li çar navendên tenduristiyê li Addis Ababa, Nexweşxaneya Eka Kotebe, Navenda Dermankirina Dêra Millennium, Nexweşxaneya Bîranîna Zewooditu, û Nexweşxaneya Pispor a Tuberkulozê ya St. Peter hate kirin. Daneyên di navbera 1 û 31ê Kanûna Pêşîn a 2020an de hatin berhevkirin. Navendên bijîşkî yên ji bo vê lêkolînê bi mebest li gorî hejmara wan a zêde ya bûyeran û hebûna navendên dermankirinê yên sereke li bajêr hatin hilbijartin. Bi heman awayî, amûr, di nav de amûrên PCR-ya demrast ABI 7500 û Abbott m2000, li gorî pêşniyarên hilberînerên reagentên NAAT hatin hilbijartin, û çar kîtên tespîtkirina PCR ji bo vê lêkolînê hatin hilbijartin, ji ber ku piraniya laboratuarên li Etiyopyayê herî kêm çar ji wan bikar anîn. Testa genê, testa Abbott SARS-CoV-2, testa Sansure Biotech, û testa SARS-CoV-2 BGI (di dema lêkolînê de hatine kirin) hatin kirin.
Testkirina ji bo SARS-CoV-2 ji 1 heta 30ê Kanûna Pêşîn a 2020an bi karanîna 3 ml Medyaya Veguhestina Vîrusî (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Çîn) ji kesên ku ji bo COVID-19ê hatine şandin bo EPHIyê, hate kirin. Nimûneyên nazofaringê ji hêla berhevkarên nimûneyên perwerdekirî ve hatin berhevkirin û di pakêtên sêqat de ji EPHIyê re hatin şandin. Berî veqetandina asîda nukleîk, ji her nimûneyekê re hejmareke nasnameya bêhempa tê destnîşankirin. Derxistin ji her nimûneyê di cih de piştî gihîştinê bi karanîna rêbazên derxistina destan û otomatîk tê kirin. Bi vî awayî, ji bo derxistina otomatîkî ya Abbott m2000, 1.3 ml (di nav de 0.8 ml qebareya mirî û 0.5 ml qebareya têketina derxistinê) ji nimûneyê ji her nimûneyê hate derxistin û di Sîstema Amadekirina Nimûneya DNAya Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, USA) re derbas bû. ) Komek ji 96 [92 nimûne, du kontrolên tespîtkirinê û du kontrolên ne-şablon (NTC)] di pêvajoya giştî (vegerandin û tespîtkirin) ya du dorên SARS-CoV-2 (EUA) de di wextê rast de hate zêdekirin. madenkirin. Bi heman awayî, ji bo derxistina destî, heman nimûneyan bikar bînin (ji bo derxistin û kifşkirina otomatîk). Bi vî awayî, di tevahiya pêvajoyê de, nimûneyên 140 µl bi karanîna QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Almanya) di komên 24 (di nav de 20 nimûne, du kontrolên ceribandinê û du NTC) de li ser neh doran hatin veqetandin û derxistin. Elûatên bi destan hatine derxistin bi karanîna çerxerê germî ya ABI 7500 bi karanîna ceribandina SARS-CoV-2 BGI, ceribandina Daan Gene, û ceribandina Sansure Biotech hatin zêdekirin û tespît kirin.
Veqetandin û paqijkirina otomatîk a RNA-ya vîrusî ya SARS-CoV-2 bi karanîna reagentên amadekirina nimûneya DNA-ya Abbott prensîba mûyên magnetîkî dişopîne. Neçalakkirina nimûneyan û çareserkirina perçeyên vîrusî bi karanîna deterjanek ku guanidine isothiocyanate tê de heye ji bo denaturkirina proteînê û neçalakkirina RNase tê kirin. Dûv re RNA bi veqetandina qonaxa hişk bi karanîna silîka ji proteînê tê veqetandin, ango xwêya guanidinyum û pH-ya alkalîn a tampona lîzê girêdana asîdên nukleîk bi silîka (SiO2) pêşve dixin. Gava şuştinê proteîn û bermayiyên mayî radike da ku çareseriyek zelal çêbike. RNA-ya zelal ji mîkroperçeyên li ser bingeha silîka bi karanîna qada magnetîkî ya amûrê tê veqetandin20,21. Ji hêla din ve, veqetandin û paqijkirina destî ya RNA-yê bi rêbaza stûna spin bi karanîna santrifujkirinê li şûna standek magnetîkî û veqetandina mîkroperçeyên ji eluentê tê kirin.
Testa Tesbîtkirina SARS-CoV-2 ya Abbott-a Demrast (Abbott Molecular, Inc.) li gorî rêwerzên çêker, ku ji WHO û FDA EUA19,22 wergirtiye, hate kirin. Di vê protokolê de, neçalakkirina nimûneyê berî derxistinê di serşokek avê de li 56 °C ji bo 30 hûrdeman hate kirin. Piştî neçalakkirina vîrusê, derxistina asîda nukleîk li ser amûrek Abbott m2000 SP ji 0.5 ml VTM bi karanîna pergala amadekirina nimûneya DNA ya Abbott m2000 hate kirin. Li gorî çêker, zêdekirin û tespîtkirin bi karanîna amûrek Abbott m2000 RT-PCR hate kirin, û tespîtkirina dualî ji bo genên RdRp û N hate kirin. ROX) û VIC P (boyaxa xwedan) ji bo armanckirin û tespîtkirina kontrolên navxweyî, ku dihêle tespîtkirina hevdem a her du hilberên zêdekirinê 19.
Rêbaza tespîtkirina zêdekirina împlifikasyonê ya vê kîtê li ser teknolojiya RT-PCR ya yek-gavî ye. Genên ORF1a/b û N wekî herêmên parastî ji hêla Daan Gene Technology ve hatin hilbijartin da ku zêdekirina herêma hedef were tespîtkirin. Prîmerên taybetî û sondajên floresan (sonda gena N bi FAM nîşankirî, sonda ORF1a/b bi VIC nîşankirî) ji bo tespîtkirina RNA-ya SARS-CoV-2 di nimûneyan de hatine sêwirandin. Elûenta dawîn û tevlihevên master bi zêdekirina 5 µl elûentê li 20 µl tevliheviya masterê heya qebareya dawîn a 25 µl hatin amadekirin. Amplifikasyon û tespîtkirin di heman demê de li ser amûrek PCR-ya demrast a ABI 750024 hatin kirin.
Genên ORF1a/b û N bi karanîna Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (tesbîtkirina PCR ya fluoresan) hatin tespîtkirin. Ji bo her gena hedef probeyên taybetî amade bikin bi hilbijartina kanala FAM ji bo herêma ORF1a/b û kanala ROX ji bo gena N. Li vê kîta ceribandinê, reagentên eluent û tevliheviya sereke wiha têne zêdekirin: 30 µl reagenta tevliheviya sereke û 20 µl nimûneya elutekirî ji bo tespîtkirin/amplîfîkasyonê amade bikin. PCR-ya demrast ABI 750025 ji bo amplîfîkasyon/tesbîtkirinê hate bikar anîn.
Testa BGI ya SARS-CoV-2 kîteke rRT-PCR ya demrast a floresan e ji bo teşhîsa COVID-19. Herêma hedef di herêma ORF1a/b ya genoma SARS-CoV-2 de ye, ku rêbazeke tespîtkirina geneke yekane ye. Wekî din, gena parastina mirovan β-actin geneke hedef a navxweyî ye. Têkelê sereke bi tevlihevkirina 20 µl reaktîfa têkelê sereke û 10 µl nimûneya RNA ya derxistî di plakaya bîrê de tê amadekirin26. Amûreke PCR ya demrast a hejmarî ya floresan a ABI 7500 ji bo amplîfîkasyon û tespîtkirinê hat bikar anîn. Hemî amplîfîkasyona asîda nukleîk, şert û mercên xebitandina PCR ji bo her ceribandinê, û şîrovekirina encaman li gorî rêwerzên hilberînerê têkildar hatin kirin (Tabloya 3).
Di vê analîza berawirdî de, me rêbaza standarda referansê ji bo diyarkirina rêjeya lihevhatinê (erênî, neyînî û giştî) û parametreyên din ên berawirdî ji bo çar analîzan bikar neanî. Her berawirdkirina testê bi CRS re hate kirin, di vê lêkolînê de CRS bi rêgeza "her erênî" hate danîn û encam hate destnîşankirin, ne bi yek testê, me herî kêm du encamên testê yên hevberkirî bikar anîn. Wekî din, di rewşa veguhestina COVID-19 de, encamên neyînî yên derewîn ji encamên erênîyên derewîn xeternaktir in. Ji ber vê yekê, ji bo ku ji encamek CRS-ê bi qasî ku pêkan rast were gotin "erênî", divê herî kêm du testên ceribandinê erênî bin, ev tê vê wateyê ku herî kêm yek encamek erênî îhtîmal e ku ji ceribandinek EUA were. Bi vî rengî, ji çar encamên testê, du an bêtir encamên testê yên ku heman encam didin wekî erênî an neyînî yên rastîn têne hesibandin18,27.
Daneyên bi karanîna formên derxistina daneyên strukturkirî hatin berhevkirin, têketina daneyan û analîzkirin bi karanîna nermalava îstatîstîkî ya Excel û SPSS guhertoya 23.0 ji bo îstatîstîkên danasînê hatin kirin. Lihevhatina erênî, neyînî û rêjeya giştî ya lihevhatinê hatin analîzkirin, û puana Kappa ji bo destnîşankirina pileya lihevhatina her rêbazê bi CRS re hate bikar anîn. Nirxên Kappa wiha têne şîrovekirin: 0.01 heta 0.20 ji bo lihevhatina sivik, 0.21 heta 0.40 ji bo lihevhatina giştî, 0.41-0.60 ji bo lihevhatina navîn, 0.61-0.80 ji bo lihevhatina mezin û 0.81-0.99 ji bo lihevhatina tevahî28.
Destûra etîkî ji Zanîngeha Addis Ababa hat wergirtin û hemî protokolên ceribandinê yên ji bo vê lêkolînê ji hêla Lijneya Nirxandina Etîka Zanistî ya Enstîtuya Tenduristiya Giştî ya Etiyopyayê ve hatin pejirandin. Hejmara referansê ya Lîsansa Etîkê ya EPHI EPHI/IRB-279-2020 e. Hemî rêbaz li gorî pêşniyar û bendên Rêbernameyên Berfireh ên Neteweyî yên Etiyopyayê ji bo Dermankirina COVID-19 hatin sepandin. Wekî din, berî beşdarbûna di lêkolînê de, razîbûna agahdar a nivîskî ji hemî beşdarên lêkolînê hat wergirtin.
Hemû daneyên ku di vê lêkolînê de hatine bidestxistin an analîzkirin di vê gotara weşandî de cih digirin. Daneyên ku piştgiriyê didin encamên vê lêkolînê li ser daxwazek maqûl ji nivîskarê têkildar peyda dibin.
Rêxistina Tenduristiyê ya Cîhanê. Pêşniyar ji bo Stratejiyên Testkirina Laboratîfê ji bo COVID-19: Rêbernameya Demkî, 21ê Adarê, 2020 Hejmar WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Teşhîsa jîr a COVID-19 di Beşa Lezgîn de: Hemû-di Pratîkê de. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Teşhîsa jîr a COVID-19 di Beşa Lezgîn de: Hemû-di Pratîkê de.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. û Gurgulianis, KI Teşhîsa jîr a COVID-19 di beşa acîl de: her tişt di pratîkê de.Muliou DS, Pantazopoulos I. û Gurgulyanis KI Teşhîsa jîr a COVID-19 li beşên acîl: entegrasyona serî-bi-serî di pratîkê de. Pisporê Reverend Respire. medicine. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL û St George, K. Nirxandina ceribandina COVID19 ID NOW EUA. Mitchell, SL û St George, K. Nirxandina ceribandina COVID19 ID NOW EUA.Mitchell, SL û St. George, K. Nirxandina ceribandina COVID19 ID NOW EUA.Mitchell SL û St. George K. Nirxandina ceribandina COVID19 ID NOW EUA. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Tesbîtkirina laboratîfê ya nexweşiya koronavirusê ya 2019 (COVID-19) di nexweşiya gumanbar a mirovan de. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (gihîştin 15 Tebax 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. û yên din. Teşhîsa COVID-19: Nexweşî û Amûrên Testkirinê. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. û yên din. Damezrandina Koleja Patologan a Rojhilat, Navîn û Başûrê Afrîkayê - Dibistana Herêmî ya Patolojiyê ya Rojhilata Navîn û Afrîkaya Başûr. Afrîka. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020).
Enstîtuya Tenduristiya Giştî ya Etiyopyayê, Wezareta Tenduristiyê ya Federal. Stratejî û Rêbernameya Demkî ya Neteweyî ji bo Teşhîsa Laboratîfê ya COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (dîtin 12 Tebax 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Testên neyînî yên derewîn ji bo pirsgirêk û bandorên enfeksiyona SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Testên neyînî yên derewîn ji bo pirsgirêk û bandorên enfeksiyona SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. û Kesselheim AS Testên derewîn-neyînî ji bo enfeksiyonên SARS-CoV-2 û encamên wan.Voloshin S., Patel N. û Kesselheim AS Testên derewîn-neyînî ji bo provokasyon û bandora enfeksiyona SARS-CoV-2. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Bûyerên COVID-19 ên pozîtîf û negatîf ên derewîn: Stratejiyên pêşîlêgirtin û birêvebirina respirasyonê, vakslêdan, û perspektîfên din. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Bûyerên COVID-19 ên pozîtîf û negatîf ên derewîn: Stratejiyên pêşîlêgirtin û birêvebirina respirasyonê, vakslêdan, û perspektîfên din. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Loжноположительные и ложноотрицательные Bûyera COVID-19: Parastina profîlektîka û stratejiyên лечения, nexweşî û nexweşî. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Bûyerên erênî û neyînî yên derewîn ên COVID-19: stratejiyên pêşîlêgirtin û dermankirinê yên rêyên nefesê, vakslêdan û rêya pêşerojê.Muliu, DS û Gurgulianis, KI Bûyerên COVID-19 ên erênî û neyînî yên derewîn: stratejiyên ji bo pêşîlêgirtin û dermankirina rêyên nefesê, vakslêdan û rêya pêşerojê. Pisporê Reverend Respire. medicine. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Teşhîsa COVID-19 li beşa acîl: Dîtina darê lê windakirina daristanê. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Teşhîsa COVID-19 li beşa acîl: Dîtina darê lê windakirina daristanê.Mouliou, DS, Ioannis, P. û Konstantinos, G. Teşhîsa COVID-19 li Beşa Lezgîn: Darê Bibîne, Daristanê Winda Bike.Muliou DS, Ioannis P., û Konstantinos G. Teşhîsa COVID-19 li Odeyên Lezgîn: Daristan ji bo Daran Têrê Nake. Xuyaye. derman. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. û yên din. Tesdîqkirin û Pejirandina Performansa Analîtîk û Klînîkî ya Ceribandina Abbott RealTime SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Berawirdkirina pênc setên primer ji herêmên genoma cuda yên COVID-19 ji bo tespîtkirina enfeksiyona vîrusê bi RT-PCR ya kevneşopî. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Berawirdkirina pênc setên primer ji herêmên genoma cuda yên COVID-19 ji bo tespîtkirina enfeksiyona vîrusê bi RT-PCR ya kevneşopî.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. û Aflatunyan, B. Berawirdkirina pênc setên primeran ji herêmên cuda yên genoma COVID-19 ji bo tespîtkirina enfeksiyona vîrusî bi RT-PCR ya kevneşopî. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Berawirdkirina 5 herêmên genetîkî yên cûda yên COVID-19 ji bo tespîtkirina enfeksiyona vîrusî bi RT-PCR ya kevneşopî.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. û Aflatunyan B. Berawirdkirina pênc setên primeran ji herêmên cuda yên genoma COVID-19 ji bo tespîtkirina enfeksiyona vîrusî bi RT-PCR ya kevneşopî.Îran. J. Mîkrobiolojî. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. û yên din. Encamên destpêkê yên bernameya nirxandina kalîteya derveyî ya neteweyî ji bo tespîtkirina rêzikên genoma SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. û yên din. Nirxandina Analîtîk a Bandora Pênc Kitên RT-PCR ji bo Koronavîrusa Sendroma Giran a Akût a Bêhnvedanê 2. J. Clinical. laboratory. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. û yên din. Nirxandina heft kîtên tespîtkirina RNAya SARS-CoV-2 yên bazirganî li Çînê li ser bingeha reaksiyona zincîra polîmerazê ya demrast (PCR). klînîkî. kîmyayî. laboratuar. derman. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB û yên din. Berawirdkirina heft kîtên teşhîsê yên RT-PCR COVID-19 yên bazirganî. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, û yên din. Berawirdkirina performansa teşhîsê ya du kîtên PCR ji bo tespîtkirina asîdên nukleîk ên SARS-CoV-2. J. Clinical. laboratory. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, û hwd. Lêkolîneke berawirdî ya çar platformên ceribandina zêdekirina asîda nukleîk (NAAT) a SARS-CoV-2 nîşan da ku performansa ID NOW li gorî nexweş û celebê nimûneyê bi girîngî xirab bûye. teşhîs. mîkrobiolojî. Infect. diss. 99(1), 115200 (2021).
Molekula Abbott. Pakêta analîza SARS-CoV-2 ya demrast a Abbott. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Ji 10ê Tebaxa 2020an pê ve) (2020).
Klein, S. û yên din. Veqetandina RNA ya SARS-CoV-2 bi karanîna morîkên magnetîkî ji bo tespîtkirina bilez a di pîvanek mezin de bi RT-qPCR û RT-LAMP. Vîrus 12(8), 863 (2020).